RNA二级结构预测中动态规划的优化和有效并行

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基于最小自由能模型的方法是计算生物学中RNA二级结构预测的主要方法,而计算最小自由能的动态规划算法需要O(n⁴)的时间,其中n是RNA序列的长度.目前有两种降低时间复杂度的策略:限制二级结构中内部环的大小不超过k,得到O(n²×k²)算法;Lyngso方法根据环的能量规则,不限制环的大小,在O(n3)的时间内获得近似最优解.通过使用额外的O(n)的空间,计算内部环中的冗余计算大为减少,从而在同样不限制环大小的情况下,在O(n³)的时间内能够获得最优解.然而,优化后的算法仍然非常耗时,通过有效的负载平衡方法,在机群系统上实现并行程序.实验结果表明,并行程序获得了很好的加速比.… …   相似文献

谭光明  冯圣中  孙凝晖 《软件学报》2006,17(7):1501-1509

PIM-SM协议的建模与改进

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PIM-SM(protoc01-independent multicast-dense mode)协议是目前Internet首选的域内组播路由协议.影响其广泛应用的一个主要问题是该协议的控制报文负载比较大.为了对协议进行改进和优化,首先需要建立性能模型并进行准确的性能分析.利用随… …   相似文献

李丹  吴建平  崔勇  徐恪  刘莹 《软件学报》2006,17(2):285-294

有缺指派下的信念修正逻辑

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经典的AGM信念修正理论和以D-P假设为代表的迭代信念修正理论都是以完全指派为可能世界而进行的理论研究.把这些研究推广到有缺指派的领域中与完全指派为每个原子命题符号都指派真假值不同,有缺指派是一个三值指派,它可以为每个原子命题符号指派真、假和不确定三值之一.以有缺指派为可能世界,… …   相似文献

肖文洁  朱朝晖 《软件学报》2010,21(1):47-54

基于印刷字符模糊结构分析的字符预分类方法

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提出了一种用于字符预分类的模糊逻辑分析法.对文本字符作印刷结构分析,给出了一个带有 容差分析的文本行字符基线精确测定算法,其他有效参考线则是通过聚类分析而获得.模糊逻 辑用于确定各字符类的隶属值以保证字符的正确预分类.实验结果表明,这种模糊印刷字符预 分类法在SUN 4/490工作站上每秒可有效地处理10⁴以上字符,并对不同大小的字符和不同 字体的处理结果令人满意.… …   相似文献

卢达  谢铭培  浦炜 《软件学报》2000,11(10):1397-1404

基于遗传算法的多连接表达式并行查询优化

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多连接表达式的并行查询优化是提高数据库性能的关键问题之一.提出了使用遗传算法来解决多连接表达式的并行查询优化问题.为了提高查询处理器的执行效率,采用启发式规则来搜索最优的多连接表达式并行调度执行计划.文中给出了详细的测试结果和性能分析.实验结果表明,结合启发式知识的遗传算法是解决… …   相似文献

曹阳  方强  王国仁  于戈 《软件学报》2002,13(2):250-257

基于语义的恶意代码检测算法研究

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代码迷惑是一种以增加理解难度为目的的代码变换技术,主要来保护软件免遭逆向分析。恶意代码的作者为了躲避检测经常采用代码迷惑技术对程序进行转换。但是商用反病毒软件采用基于特征码的模式匹配技术而忽略了恶意代码的语义,因此最容易受到代码迷惑或病毒变种的攻击。文章中提出一种基于语义匹配的检… …   相似文献

王晓洁  王海峰 《计算机系统应用》2009,18(8):103-106

流测量中基于测量缓冲区的时间分层分组抽样

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NetFlow是流测量中广泛应用的解决方案,但NetFlow的抽样方法存在一定的缺陷:泛洪攻击时消耗路由器过多的资源;用户很难选择适合所有流量组成情况的静态抽样率,以平衡资源消耗量和准确率.提出了一种易于实现的分组抽样方法.该方法利用测量缓冲区对定长时间内到达的分组进行固定数量的… …   相似文献

王洪波  韦安明  林宇  程时端 《软件学报》2006,17(8):1775-1784

无标度网络中边权重对传播的影响

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为独立研究权重涨落的影响,在权重涨落变化时,需要保证边的平均权重保持不变,为此提出了满足平均权重不变条件的边权重定义,给出了一种新的通用易感—感染—康复(SIR)模型在加权网络中的表述方法。仿真实验结果表明,在加权无标度网络中,权重涨落增大时,SIR模型中传染病的发展得到抑制,传… …   相似文献

谢斐  张昊  陈超 《计算机应用研究》2013,30(1):238-240

文本分类中基于类别概念的特征选择方法^①

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传统的TFIDF公式常被用于信息检索各种计算特征项权重的场合,但在文本分类任务下,TFIDF忽略了特征项的类别信息,且较易产生一些不合理的低频高权特征,一定程度上影响了最终分类的准确性。本文提出一种基于类别概念的TFCW特征选择方法,该方法避免了TFIDF的上述缺陷。实验表明该方… …   相似文献

杨奋强  刘玉贵 《计算机系统应用》2009,18(10):93-96

XML 数据流上Top-K 关键字查询处理

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利用关键字可以在模式未知的情况下对XML数据进行查询.在当前的XML数据流上的关键字查询处理中,打分函数往往不能都满足各种用户不同的需求.提出了一种基于skyline的XML数据流上的Top-K关键字查询.对于这种查询,不需要考虑影响结果与查询相关性的复杂因素,只需利用skyli… …   相似文献

黎玲利  王宏志  高宏  李建中 《软件学报》2012,23(6):1561-1577

一种基于内容的双向共享组播路由协议

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针对组播协议在大规模分布式交互系统应用中面临的可扩展性问题,提出一种基于内容的双向共享组播路由协议CBSMRP(content-based bi-directional shared multicast routing protocol).该协议结合运用了主动路由思想和基于内容的… …   相似文献

陈继明  潘金贵  鞠时光  贝佳 《软件学报》2009,20(11):3034-3044

ABR流量控制中的变结构控制器

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自适应比特(available bit rate,简称ABR)业务的流量控制是ATM网络中一种有效的拥塞控制机制和流量管理手段.在高速的ATM网络中,算法的简洁性在很大程度上决定着交换机的性能.尽管二进制ABR流量控制的简洁性具有相当大的吸引力,但标准的EFCI算法控制的队列长度… …   相似文献

任丰原  林闯  王福豹 《软件学报》2003,14(3):562-568

软件体系结构专刊前言

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过去的一年(2005-2006)是软件体系结构研究值得纪念的一年.十年前,第1届软件体系结构国际研讨会(International Workshop on Software Architecture,IWSA-1)召开,IEEE Software和IEEE Transaction… …   相似文献

梅宏  吕建 《软件学报》2006,17(6):1255-1256

一种有效的Peer-to-Peer自适应拓扑进化协议

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现有的无结构Peer-to-Peer(P2P)系统缺乏对拓扑公平性的考虑,并且不能对某些节点的恶意行为进行有效的抑制.其主要原因在于构造的拓扑对节点可信度的不敏感性,忽略了节点在不同领域中可信度的区别.据此,首先给出了基于领域的P2P信任模型的定义,然后在此基础上提出了一种针对无… …   相似文献

张骞  张霞  刘积仁 《软件学报》2007,18(2):400-411

结构加速度无线监测传感网络的软件设计与实现

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介绍了结构加速度监测的无线传感网络的拓扑结构以及无线传感器节点的硬件单元,结合网络结构确定了网络的通信协议,并重点介绍了网络的软件设计,利用所建立的无线加速度传感器网络进行了实验测试。研究表明：将软件嵌入在网络硬件平台上,使节点组网方便,具有自校准功能;由软硬件集成的无线加速度传… …   相似文献

喻言  李宏伟  欧进萍 《计算机应用研究》2005,22(2):197-199

通用多速率组播加权公平速率分配理论

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研究了通用多速率组播加权公平速率分配问题.首先,给出了一个形式化的多速率组播网络模型,在该模型中考虑了接收者的异构性.在此基础上,定义了通用多速率组播加权Max-Min公平概念,建立了通用多速率组播加权Max-Min公平速率分配基本理论.最后给出了一个解决通用多速率组播加权Max… …   相似文献

翟明玉  顾冠群 《软件学报》2003,14(1):124-131

网络环境下异构数字印刷数据集成系统架构设计

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为了解决网络环境下异构数字印刷数据的访问和集成问题,在对数字印刷数据特点进行分析的基础上,提出了异构数字印刷数据集成系统的整体框架.对框架结构所涉及的实现方法进行了分析研究,重点讨论了异构印刷数据的访问和提取的实现过程.最后详细研究了系统架构中的虚拟数据中心和查询引擎关键技术,为… …   相似文献

赵鹏飞  王晓红 《计算机系统应用》2011,20(2):5-8

无双线性对的无证书两方认证密钥协商协议

  

鉴于双线性对运算复杂度较高,不适用于移动通信环境,提出新的无双线性对的基于无证书的两方认证密钥协商协议。新协议解决了基于身份的公钥密码方案中固有的密钥托管问题,实现了对通信双方的身份认证,采用非双线性对运算,极大地降低了计算开销。通过分析协议的正确性,采用Applied Pi演算… …   相似文献

潘进  刘小琼  李国朋 《计算机应用研究》2012,29(6):2240-2242

鸽巢公式的一些性质

  

由鸽巢原理定义的鸽巢公式PH nn+1是著名的消解难例之一,研究该公式的结构和性质有助于其他难例的构造.证明了PH nn+1是一个极小不可满足公式,根据其极小不可满足性,给出了最大可满足真值指派的两种标准形式,Haken关于PH nn+1的难解证明用到了其中一种标准形式.公式PH… …   相似文献

许道云  韦立  王晓峰 《软件学报》2011,22(11):2553-2563

基于相交邻域粗糙集的基因微阵列数据分类

  

在对基因微阵列数据的特征选择和分类的研究中,粗糙集理论是一个可以消除冗余基因的有效工具.但是传统的粗糙集模型不能很好地处理连续型数值数据,而离散化方法可能会导致信息的丢失.为此,提出了一种基于相交邻域粗糙集模型的属性约简算法,即将传统粗糙集中的距离邻域扩展为相交邻域,采用基于集合… …   相似文献

孟军  李锐  郝涵 《计算机科学》2015,42(6):37-40, 66